È stato istituito nel 1869 e recentemente è stato realizzato un nuovo allestimento in seguito all’ampliamento verso l’ex sala dei Banchetti del Doge.

Molto interessante è il fatto che questo luogo ospitò il Savonarola, arrivato a Firenze nel 1490, che divenne priore del Convento di San Marco nel 1491. Di lui ora troviamo all’interno del museo un busto in terracotta dipinta, il suo famoso ritratto realizzato da Fra’ Bartolomeo, un volume con i suoi sermoni autografi, le raffigurazioni del suo martirio e le sue reliquie. Tutto ciò forma una specie di piccolo museo savonaroliano dentro al museo stesso.

All’interno, però, troviamo molto altro: prima di tutto gli spazi stessi che ospitano le opere sono degni di visita per la loro bellezza architettonica e perché ci è permesso di percorrere il convento e osservare le celle dei monaci. Ma il vero tesoro custodito nel museo sono le opere del Beato Angelico tra le quali spicca l’Annunciazione che è considerata un capolavoro della pittura rinascimentale. Vi è, poi, un’intera sala dedicata alle sue opere e che per questo è chiamata proprio con il suo nome; qui si possono ammirare la Deposizione, la Pala della Maddalena, la Pala di San Marco, il Giudizio Universale, il Tabernacolo dei Linaioli, la Madonna col Bambino e il Trittico di San Pietro Martire.

Sarà una stupenda sorpresa scoprire che il museo conserva anche opere di enorme pregio artistico e storico, a partire dal Cenacolo del Ghirlandaio, da lui realizzato alla fine di una serie di altri cenacoli: fu commissionato dagli stessi monaci per decorare il refettorio piccolo dove mangiavano gli ospiti del convento e incuriosisce per i dettagli estremamente realistici ma anche per i virtuosismi, come la trasparenza della caraffa che lascia intravedere le mani degli apostoli.

La Madonna col Bambino di Paolo Uccello, la Madonna con la cintola di Ridolfo del Ghirlandaio (figlio di Domenico del Ghirlandaglio) e le terracotte invitriate dei Della Robbia sono altre perle artistiche conservate in questo affascinante luogo, ma da non dimenticare è una visita alla Biblioteca del Museo San Marco che ospita manoscritti indicibilmente preziosi appartenuti a Pico della Mirandola, ad Agnolo Poliziano e soprattutto alla famiglia Medici: fu proprio Lorenzo de’ Medici, il grande mecenate, ad arricchire la collezione di manoscritti appartenenti a questa biblioteca rendendola davvero ricchissima, tanto che viene citata persino da Leonardo da Vinci sia nel Codice Atlantico che nel Codice Arundel ed è oggi considerata la prima biblioteca pubblica d’Europa.